在日本明治23年（西元1890年）开通后，琵琶湖疏水也开始提供船运服务，乘载旅客的运量在最高峰期的明治28年（西元1895年），年度运输人次曾达到30万人，货运船在最高峰时期的大正14年（西元1925年），年度运送物资总重曾达到22万吨。在长达数十年里为旅客与货物提供了大量的运输服务。但是随着时代演变车辆与铁道开始急速发展，船运的总量也开始慢慢衰退，到了昭和26年（西元1951年）9月时还曾从大津地区运送4.5吨的砂石前往山科地区，这也是琵琶湖疏水最后一次进行货运。自此之后琵琶湖的船运就退出了历史舞台。
后来社会上也曾出现过数次希望琵琶湖疏水的船运能够复活的声音，但是在长久的时间内一直都无法得以实现。

在这样的背景下，日本平成25年（西元2013年）12月，由京都市长与大津市长参加的航行试乘会成为了变化的契机。让许多人都认识到，支撑着市民生活、产业与文化的琵琶湖疏水建设拥有着深远的意义。因此为了能够让全新的观光资源扩散到更广的区域促进地区活性化，而不是只停留在京都、大津的疏水沿线旁，由民间企业、京都与大津两市的观光协会、商工会议所以及两市的行政单位齐心协力于平成26年（西元2014年）12月组成「琵琶湖疏水下行船运执行委员会（琵琶湖疏水船下り実行委员会）」，共同讨论如何让琵琶湖疏水的船运真正复苏。

琵琶湖疏水的船运在复活过程中，与一般河川相异的特殊由来和形状，使之面临着许多困难的课题。由于水道水深只有约1m（相当浅）、水道断面为锥体型上宽而下窄、水流速度极快、数处疏水水道随着诸羽隧道竣工而变成大弯道等诸多因素，使得琵琶湖疏水并不适合中型、大型船只的航运，即使是小型船只在水道中的船只操作也依旧需要非常高超的技术。而且只有在船坞（ふなだまり）等特定位置才能进行船只回旋、靠岸离岸等操作，航行方面受到了许多限制。
因此在船只航行方面，工作人员需要事先进行充足的训练，并在监督单位的指导下对各个细节进行检验以提升安全性，通过各种方式创造出让乘客们可以安全搭乘船只的环境。
在经过了长达数年的准备后，执行委员会终于在日本平成27年（西元2015年）春季举办了从滋贺县大津市前往京都市・蹴上，航程长约7.8km的「琵琶湖疏水航运复活」试航活动。活动长达16日，在经过了64年后琵琶湖疏水设施的航运终于复苏了。