在日本明治23年（西元1890年）開通後，琵琶湖疏水也開始提供船運服務，乘載旅客的運量在最高峰期的明治28年（西元1895年）時曾達到年度運輸人次30萬人，貨運船在最高峰期的大正14年（西元1925年）曾達到年度運送物資總重22萬噸。在長達數十年的期間裡為旅客與貨物提供了非常大量的運輸服務。但是隨著時代演變車輛與鐵道開始急速發展，船運的總量也開始慢慢衰退，到了昭和26年（西元1951年）9月時還曾從大津地區運送4.5噸的砂石前往山科地區，這也是琵琶湖疏水最後一次進行貨運。自此之後琵琶湖的船運就退出了歷史舞台。
後來社會上也曾出現過數次希望琵琶湖疏水的船運能夠復活的聲音，但是在長久的時間一直都無法獲得實現。

在這樣的背景下，日本平成25年（西元2013年）12月裡由京都市長與大津市長參加的航行試乘會成為了變化的契機，讓許多人都認識到支撐著市民生活、產業與文化琵琶湖疏水建設擁有著深遠的意義。因此為了能夠全新的觀光資源不只留在京都、大津的疏水沿線旁，還可以擴散到更廣的區域促進地區活性化，由民間企業、京都與大津兩市的觀光協會、商工會議所以及兩市的行政單位齊心協力於平成26年（西元2014年）12月組成「琵琶湖疏水下行船運執行委員會（琵琶湖疏水船下り実行委員会）」，共同討論如何讓琵琶湖疏水的船運真正復甦。

琵琶湖疏水的船運在復活過程中，由於其與一般河川相異的特殊由來和形狀，遭遇了許多困難的課題。由於水道水深只有約1m深相當淺、水道斷面為磨缽型上寬而下窄、水流速度極快、數處疏水水道因諸羽隧道完工而變成大彎道等因素，所以琵琶湖疏水並不適合中型、大型船隻的航運，即使是小型船隻在水道中的船隻操作也依舊需要非常高度的技術。而且只有在船塢（ふなだまり）等特定位置才能進行船隻迴旋、靠岸離岸等操作，在航行方面受到了許多限制。
因此在船隻航行方面，工作人員需要事先進行充足的訓練，並在監督單位的指導下對各個細節進行檢驗以提升安全性，透過各種方式創造出讓乘客們可以安全搭乘船隻的環境。
在經過了長達數年的準備期間後，執行委員會終於在日本平成27年（西元2015年）春季裡舉辦了從滋賀縣大津市前往京都市・蹴上，航程長約7.8km的「琵琶湖疏水航運復活」試航活動。活動期間長達16日，在經過了64年後琵琶湖疏水設施裡的航運終於復甦了。